Molecola del Mese
di David S. Goodsell
trad di Mauro Tonellato

Varianti della proteina Spike
di SARS-CoV-2

Molecola del mese di dicembre 2021
Il virus SARS-CoV-2 è in continua mutazione e pone sempre nuove sfide nella pandemia COVID-19

Introduzione
I virus sono maestri nell'evoluzione anche se lo fanno in modo casuale. Sono due gli aspetti della loro biologia che ne decretano il successo. Il primo è che, quando infettano le cellule, si replicano producendo enormi quantità di nuovi virus. Per esempio, durante il picco dell'infezione da SARS-CoV-2 in un individuo infetto ci potevano essere anche 100 miliardi di virus. Il secondo aspetto è che la loro macchina riproduttiva è imprecisa e produce spesso errori nel genoma dei nuovi virus. La combinazione di questi due aspetti è l'ideale per una rapida evoluzione. Durante l'infezione, si formano molte varianti del virus originale. La maggior parte delle sequenze genomiche mutate danneggiano il virus o non gli danno vantaggi, ma di tanto in tanto si può generare una mutazione che migliora il ciclo vitale del virus. Alcune varianti vantaggiose sono emerse nel virus SARS-CoV-2 e hanno provocato nuove ondate di infezione nella pandemia COVID-19 (Corona Virus Disease 19)

Individuare la mutazione
Scienziati di tutto il mondo hanno studiato l'evoluzione di SARS-CoV-2 per comprendere come agisce e per pianificare le strategie per il futuro. La figura qui a fianco mostra una mappa delle più frequenti mutazioni della proteina spike basata su oltre 3 milioni di campioni che sono stati sequenziati e depositati nel database GISAID.
Questa struttura è basata sul file PDB 7kj2, ma è stata completata con SWISSMODEL, un software che calcola la struttura 3D delle proteine, e che è servito per aggiungere le coordinate degli atomi di alcuni segmenti flessibili che mancavano nel file originale. La glicosilazione non è mostrata nella figura per rendere più facili da vedere gli amminoacidi mutati, quindi dovete immaginare questa proteina coperta con decine di molecole di N-acetilglusosammina.


Miglioramenti funzionali
Come potete vedere, gli amminoacidi mutati sono distribuiti in tutta la proteina. Gli scienziati stanno ancora cercando di capire la funzione di molte di queste mutazioni anche se ormai hanno chiarito la funzione delle mutazioni più comuni.
I due siti di mutazione più comini sono ben visibili nella figura qui a fianco dove è mostrata una struttura più completa di proteina spike (file PDB 7fg7).
La mutazione più comune (finora) è quella alla posizione 614 (glicina al posto dell'acido aspartico mostrato qui). Si pensa che controlli la stabilità della porzione superiore della proteina spike (evidenziata in azzurro).
Un'altra mutazione comune è nella posizione 681 e mette arginina al posto della prolina mostrata qui. Questa prolina si trova in un segmento flessibile che è tagliato (quando c'è arginina) dall'enzima proteolitico cellulare furina, lo stesso che taglia il proglutatione in glutatione (mdm 08-2017). La furina taglia la spike in due pezzi S1 e S2.
La parte superiore S1 (azzurra) è quella che riconosce la cellula ospite, mentre la parte inferiore S2 (fucsia) guida la fusione con la cellula e l'ingresso del virus.
I ricercatori hanno scoperto che questo taglio in due pezzi della spike rende il virus più infettivo con le cellule del tratto respiratorio.











Strutture varianti
Durante la pandemia COVID-19, il virus SARS-CoV-2 si è diffuso in tutto il mondo e in alcuni paesi si sono formate per caso delle varianti che poi si sono propagate rapidamente. Qui a fianco sono mostrate le strutture di quattro varianti recenti: alfa (PDB 7lwv), beta (PDB 7lyo), delta (PDB 7v7q), kappa (PDB 7v7e). In tutte le varianti vi sono molte mutazioni che comprendono siti dove l'amminoacido è cambiato (mostrati in rosso) e siti dove l'amminoacido è stato eliminato dalla catena (mostrati in magenta). Tutte le varianti includono le due mutazione illustrate sopra agli amminoacidi 614 e 681 e molte altre mutazioni distribuite in tutta la catena. Queste mutazioni possono favorire il virus in modi molto diversi.
Le mutazioni nel dominio S1 che lega il recettore e nei domini C-terminali migliorano la capacità del virus di riconoscere e di legarsi alla cellula.
Le mutazioni nel dominio N-terminale aiutano il virus ad ingannare il sistema immunitario.
Le mutazioni nel dominio S2 migliorano il processo di fusione e di ingresso nella cellula.






















Esplorando la struttura
La mutazione alla posizione 614 sostituisce un acido aspartico con una glicina (mostrati in rosso) e così rimuove un'eccessiva interazione con la treonina 859 (ciano) che si trova su una subunità adiacente di proteina spike. La proteina spike, infatti, è un trimero, cioè l'unità funzionale è una struttura complessa formata da tre catene intrecciate di proteina spike. Si pensa che questa mutazione allenti la tensione nella struttura rendendo più facile la transizione verso la conformazione attiva nella quale questo dominio si estende per legare il recettore. Nella figura qui a lato si vedono affiancate le due strutture quella originale (wild type file PDB 6vyb) con l'acido aspartico in posizione 614 e la variante delta (file PDB 6v7q) con la glicina in posizione 614.





Spunti per ulteriori esplorazioni
Negli archivi PDB ci sono centinaia di strutture di proteina spike di SARS-CoV-2. Un modo facile per generare una lista completa è andare nella pagina di una qualsiasi proteina spike, per esempio PDB 6vxx, e cliccare sull'opzione "P0DTC2" nella sezione "Macromolecules/UniProt"
Provate anche a cercare "SARS-CoV-2 spike variant" per ottenere una lista delle varianti finora individuate.

Bibliografia
7lwt, 7lyo: Gobeil, S.M., et al. (2021) Effect of natural mutations of SARS-CoV-2 on spike structure, conformation, and antigenicity. Biorxiv DOI: 10.1101/2021.03.11.435037
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Johnson, B.A., et al. (2021) Loss of furin cleavage sites attenuates SARS-CoV-2 pathogenesis. Nat 591, 293-299
Lubin, J.H., et al. (2021) Evolution of the SARS-CoV-2 proteome in three dimension (3D) during the first 6 months of the COVID-19 pandemic. Prot Struc Func Genet doi: 10.1002/prot.26250
Sender, R., et al. (2021) The total number and mass of SARS-CoV-2 virions. Proc Natl Acad Sci USA 118, e2024815118
7kj2: Xiao, T., et al. (2021) A trimeric human angiotensin-converting enzyme 2 as an anti-SARS-CoV-2 agent. Nat Struct Mol Biol 28: 202-209
6vyb: Walls, A.C., et al. (2020) Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein. Cell 181: 281

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