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Molecola del Mese di Novembre 2012
La vitamina D è indispensabile per regolare il metabolismo del
calcio nel nostro corpo
Introduzione
Le vitamine sono molecole complesse, essenziali per
il corretto funzionamento delle cellule, ma in qualche momento dell'evoluzione
il nostro corpo ha perso la capacità di sintetizzarle. Oggi, quindi,
le dobbiamo assumere con la dieta.
Le vitamine più note sono la A, B, C e D.
La vitamina A serve per sintetizzare le molecole sensibili alla
luce, nei nostri occhi.
Le vitamine del gruppo B servono per sintetizzare coenzimi indispensabili
in molte reazioni biochimiche.
La vitamina C ha un ruolo essenziale nella sintesi del collagene.
La vitamina D è indispensabile per il metabolismo del calcio.
La vitamina D è diversa dalle altre vitamine perchè può
essere sintetizzata dalle nostre cellule, ma solo con l'aiuto della luce
solare diretta. I raggi ultravioletti del sole rompono una delle forme
del colesterolo nella pelle e ci permettono di trasformarlo in vitamina
D. Nei paesi dove il tempo è spesso nuvoloso, però, le persone
possono rimanere per mesi senza la luce diretta del sole e quindi la vitamina
D deve essere assunta con la dieta.
Controllare il calcio
La vitamina D ha un ruolo essenziale nel regolare
i livelli di calcio e fosfato nel corpo. E' convertita in un ormone che
viene secreto dal fegato e poi arriva in tutto
il corpo. Il suo effetto principale è sulle cellule intestinali,
dove contribuisce a controllare l'assorbimento del calcio, e sulle cellule
delle ossa, dove aiuta a controllare la formazione e il mantenimento dello
scheletro.
Accogliere l'ormone
L'ormone della vitamina D (mostrato in magenta a destra
nella figura qui sopra) si lega a dei recettori nucleari nelle cellule
bersaglio, e controlla direttamente il DNA promuovendo la sintesi
di alcune proteine coinvolte nel trasporto e nell'utilizzo del calcio.
Il recettore è costituito da due domini: un dominio che
si lega all'ormone e uno che si lega al DNA. Il recettore
si accoppia con una proteina simile, il recettore dell'acido 9-cis-retinoico
(RXR), e insieme, si legano al DNA attivando la sintesi in alcuni casi,
o fermandola in altri. L'illustrazione mostrata qui sopra è stata
realizzata usando come guida un'immagine a bassa risoluzione di microscopia
crioelettronica (qui sotto a destra) che ha aiutato ad assemblare correttamente
quattro diverse strutture ad alta risoluzione: due strutture del dominio
che lega il legando (PDB 1dkf e 1db1),
e due strutture del dominio che lega il DNA (PDB 1ynw
e 2nll).
Preparare e trasportare l'ormone
La vitamina D non è attiva come ormone, ma
deve subire alcune modifiche chimiche. Queste vengono realizzate
da enzimi che aggiungono dei gruppi idrossilici alla vitamina D. Uno di
questi enzimi è mostrato qui a destra in alto (file PDB 3c6g).
Usa un gruppo eme (arancione e rosso) per realizzare la reazione. Quando
l'ormone (magenta) è stato idrossilato deve essere trasportato
alle cellule bersaglio. Questa non è un'impresa facile perchè
l'ormone è poco solubile in acqua, per questo interviene una proteina
trasportatrice della vitamina D, mostrata qui a fianco in basso (file
PDB 1j78) che ha il compito di accompagnare
ogni singola molecola di ormone alle cellule bersaglio dove deve entrare
in azione.
Esporando la struttura
Le carenze vitaminiche spesso conducono a malattie, come la cecità
notturna provocata dalla mancanza di vitamina A, la pellagra
causata dalla carenza di vitamina B3, lo scorbuto provocato dalla
mancanza di vitamina C.
La carenza di vitamina D in età infantile può provocare
il rachitismo cioè una struttura scheletrica debole e
deformabile. Il rachitismo può avere più cause: la vitamina
D può mancare dalla dieta oppure può non funzionare il
meccanismo che la sintetizza o che la trasforma nell'ormone attivo.
La figura qui sotto (file PDB 3m7r) mostra
il dominio di legame con la vitamina D di un recettore mutante
che si lega in modo molto debole all'ormone ed è la causa di
una forma ereditaria di rachitismo. Per confrontare queste mutante con
il recettore naturale (file PDB 1db1),
passate il mouse sull'immagine e comparirà la struttura, quasi
identica, del recettore naturale.
La vitamina D, mostrata con grandi sfere magenta, è completamente
immersa all'interno della proteina. Notate che la mutazione riguarda
un solo amminoacido, quello evidenziato in verde, che nel recettore
mutante è glutammina mentre nel recettore naturale è
istidina che blocca la vitamina D con più efficacia all'interno
della proteina. Gli amminoacidi mostrati in blu sono quelli che circondano
la vitamina D.
Le immagini qui sotto permettono una visione tridimensionale del recettore
mutante.
Per vedere la proteina in 3D fate così:
1) guardate le immagini 3D sullo schermo del monitor da una distanza
di circa 60 cm
2) disponete le mani a coppa in modo che lascino al centro un foro
di circa 5 cm di diametro e ponetele 15 cm davanti al viso
3)
chiudete l'occhio sinistro e guardate con l'occhio destro l'immagine
di sinistra attraverso il foro (figura a)
4) senza muovere la testa, chiudete l'occhio destro e osservate con
l'occhio sinistro l'immagine di destra (figura b)
5) avvicinate o allontanate la posizione del foro fino a quando sia
l'occhio destro che quello sinistro vedranno la rispettiva immagine
6) guardate ora con entrambi gli occhi mettendo a fuoco lo spazio
all'interno del foro
7) avvicinate appena le mani al viso fino a vedere una piccola cornice
bianca attorno all'immagine, vedrete comparire, sospesa nello spazio
dentro il foro, l'immagine 3D della proteina.
L'immagine 3D qui sotto è quella del recettore naturale.
L'istidina (verde) tiene meglio in posizione la vitamina D.
Spunti per ulteriori esplorazioni
- I ricercatori stanno cercado di sviluppare nuove molecole simili alla
vitamina D per usarle come farmaci nelle sindromi legate alla carenza
di vitamina D. Negli archivi PDB si trovano molte di queste molecole
sperimentali.
- Il recettore della vitamina D è simile ad altri recettori ormonali
nucleici come il recettore degli estrogeni. Usate lo strumento "Compare
Structures" nel PDB per valutare queste somiglianze
Bibliografia
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