Pianeta
Chimica.it
Responsabile:
Prof. Mauro Tonellato
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MODELLISTICA MOLECOLARE
CON ArgusLab
12^ LEZIONE
Cicloaddizioni di Diels-Alder
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Lezioni con
ArgusLab
1-butene
e 2-butene
Carbocatione
1° e 2°
Acetone
e tautomeria
Dieni
coniugati (pdf)
Benzene
e aromaticità (pdf)
Legame covalente
Conformazione alcani
Ponte Cloronio
Diels-Alder
Enolo
Mono e Disostituito (pdf)
Lezioni con
MGL Tools / AutoDock
Struttura delle Proteine
Proteine e Legandi
Docking su COX2
Progettare
nuovi farmaci
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Per seguire questa lezione dovete avere già visto la 1^ e la
2^ lezione di modellistica molecolare con ArgusLab nelle quali sono
state spiegate le procedure di base che qui verranno date per conosciute.
Arguslab 4.01 può essere scaricato gratuitamente qui:
http://www.arguslab.com
Questa lezione può essere affrontata in due modi:
1) Online. Potete leggere le istruzioni ed eseguirle passo passo
al computer con ArgusLab, aiutandovi con le illustrazioni che chiariscono
ogni passaggio.
2) In aula informatica con la classe. Se siete insegnanti di
chimica, potete adattare la lezione alle esigenze della vostra classe
e proporla in aula informatica ai vostri allievi.
La durata della lezione è di circa due ore.
N.B. Cliccando sulle immagini potrete vederle a pieno schermo.
Gli argomenti di questa lezione sono:
-- Cicloaddizione di Diels Alder
-- Costruzione di 1,3 butadiene e di etilene
-- Discussione sulla simmetria degli orbitali coinvolti nella reazione
-- Confronto con altre cicloaddizioni proibite
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Cicloaddizione di Diels-Alder
Un diene coniugato come 1,3-butadiene può reagire con un alchene
per dare cicloesene in una reazione di addizione periciclica concertata
conosciuta come cicloaddizione di Diels-Alder.
La cicloaddizione di due semplici alcheni per produrre ciclobutano,
invece, non può avvenire.
La teoria VB non riesce a spiegare perchè una reazione è
possibile e l'altra no, infatti il meccanismo di reazione che invoca
per spiegare la cicloaddizione di Diels-Alder si può applicare
anche alla cocloaddizione di due alcheni anche se questa non è
possibile.
Per spiegare perchè la cicloaddizione [4+2] del butadiene con
l'etilene può avvenire, mentre la cicloaddizione [2+2] tra due
molecole di etilene non avviene, bisogna ricorrere alla teoria MO degli
orbitali molecolari.
La teoria MO dice che quando due molecole reagiscono, le interazioni
tra gli orbitali pieni di una e dell'altra portano ad un vistoso
aumento dell'energia complessiva delle due molecole che così
si avviano a formare lo stato di transizione. Per dare luogo ai prodotti
di reazione servono delle interazioni favorevoli che facciano diminuire
l'energia del sistema, queste sono interazioni tra cariche positive
e negative nelle due molecole e inoltre tra l'orbitale HOMO
di una molecola e l'orbitale LUMO dell'altra.
Cioè l'orbitale pieno di più alta energia (HOMO)
di una molecola deve mettere in comune i propri elettroni con l'orbitale
vuoto di minore energia (LUMO) dell'altra.
Gli orbitali HOMO e LUMO vengono anche chiamati orbitali frontiera
perchè segnano il confine tra orbitali di legame e di antilegame
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orbitali p del butadiene
fig. 1
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L'interazione HOMO-LUMO
è favorevole perchè deve sistemare solo due elettroni
che quindi vanno nell'orbitale di legame. Si forma così
uno stato di minore energia come si vede nella seguente figura.
L' interazione tra orbitali pieni, HOMO-HOMO, invece, è
sfavorevole perchè deve sistemare quattro elettroni, quindi
ne porta due nell'orbitale di legame e due in quello di antilegame
con un effetto complessivo sfavorevole come accade nella ipotetica molecola
He2.
L'interazione HOMO-LUMO, d'altra parte non è sempre favorevole,
ma come qualsiasi altra coppia di orbitali, quando viene sovrapposta può
dare interazione di legame o di antilegame. Se i lobi hanno la stessa
fase si ottiene una interazione di legame, mentre quando hanno fasi
opposte si ottiene una interazione di antilegame.
Gli orbitali molecolari p del butadiene
sono quattro, due di legame e due di antilegame e sono rappresentati qui
di seguito. I colori bianco e grigio sugli orbitali p
indicano i lobi con fase positiva o negativa della funzione d'onda.
orbitali
p del butadiene
Quando i lobi degli orbitali p adiacenti
nella molecola del butadiene hanno lo stessa fase producono una
interazione di legame che aumenta la densità elettronica
tra i due atomi e abbassa l'energia dell'orbitale molecolare.
Quando i lobi hanno fasi opposte, producono una interazione
di antilegame con densità elettronica zero o nodo tra i due
atomi che alza l'energia dell'orbitale molecolare.
I quattro orbitali molecolari p del
butadiene possono essere capiti ancora meglio se si osservano i loro modelli
tridimensionali ottenuti con ArgusLab e mostrati qui a fianco con il più
stabile in basso, i quattro elettroni riempiono i due orbitali di legame
p1 e p2
(figura 1).
Gli orbitali molecolari p dell'etilene
sono due, uno di legame e uno di antilegame.
orbitali
p dell'etilene
Quando 1,3-butadiene ed etilene reagiscono tra loro per dare una
cicloaddizione di Diels-Alder, l'orbitale HOMO del butadiene
interagisce con l'orbitale LUMO dell'etilene.
Tra questi orbitali l'interazione è favorevole infatti si
sovrappongono lobi con la stessa fase e quindi si producono interazioni
di legame che abbassano l'energia del sistema come si vede nella figura
qui sotto. Questo spiega perchè la reazione ha successo e si
forma cicloesene.
Quando reagiscono tra loro due molecole di etilene, invece, l'interazione
HOMO-LUMO non è favorevole come si vede nella seguente figura.
La sovrapposizione è favorevole su un orbitale, ma sfavorevole
sull'altro dove si avvicinano lobi di fase opposta. e qundi si
producono interazioni di antilegame che non abbassano l'energia del sistema.
In questo modo la teoria MO riesce a spiegare perchè la cicloaddizione
di 1,3-butadiene ed etilene è possibile e produce cicloesene, mentre
la cicloaddizione di due molecole di etilene non ha luogo e non riesce
a produrre ciclobutano.
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Creare 1,3-butadiene
Per iniziare questa esercitazione, costruite
con ArguLab la molecola 1,3-butadiene.
Create la catena unendo in sequenza quattro carboni sp2:
C(trigonal planar) - Shift+Click destro.
Controllate che tutti 4 i carboni abbiano una struttura sp2
planare. (Click destro - Change Atom)
Aggiungete gli idrogeni (pulsante H).
Evidenziate i doppi legami: Click destro sul legame - Double
Otterrete così la struttura grezza del 1,3-butadiene mostrata
in figura 2.
Salvate la molecola col nome butadiene.
Ottimizzatela col metodo UFF e poi col metodo PM3 (Calculation - Optimize
Geometry - PM3 - Start) (figura 3).
Calcolate l'energia della molecola (Calculation
- Energy - PM3 - Start).
Otterrete un'entalpia di formazione di circa 31.041 kcal/mol.
Il butadiene che avete ottenuto è in conformazione sigma-trans
(figura 3). Per ottenere la forma sigma-cis, necessaria per
la reazione di cicloaddizione, procedete così:
Cliccate il legame centrale e premendo Alt+Shift
cliccate e trascinate il mouse fino ad ottenere un angolo di sirca 180°
(figura 4).
Ottimizzate il butadiene sigma-cis col metodo
PM3
Salvate la molecola col nome butadiene_PM3_cis.
Calcolate l'energia della molecola.
Otterrete un'entalpia di formazione di circa 31.772 kcal/mol
La forma sigma-trans è quindi più stabile di circa 0,731
kcal/mol rispetto alla forma sigma-cis.
Dall'equazione DG°
= - RT lnk potete stimare il valore della k di equilibrio della reazione
di interconversione tra le due conformazioni del butadiene
sigma-cis => sigma-trans .
. . . . . DH°
= - 0,731 kcal/mol
lnk = - DG°
/ RT
lnk = 0,731 4184 / 8,31 298
lnk = 1,235
k = 3,44
Quindi solo circa il 22,5% del butadiene si trova nella forma sigma-cis
a 25 °C. Questo ci fa capire perchè la cicloaddizione di
Diels-Alder è più veloce se si fa reagire ciclopentadiene
al posto di 1,3-butadiene: il diene ciclico ciclopentadiene
si trova al 100% nella forma sigma-cis.
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fig. 5
fig. 6
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Creare i quattro orbitali molecolari pigreco del butadiene
Create i quattro orbitali p
del butadiene : Calculation - Energy - Surface Properties - 9, 11 homo,
12 lumo, 13 - OK - Start.
Rappresentate i quattro orbitali p
sullo schermo : Surfaces - Make Surfaces - RHF MOs. Trascinate l'orbitale
9 nella finestra Grid, scrivete 9 nella finestra Surface Name, cliccate
Create>>.
Ripetete l'operazione per gli altri orbitali: 11 homo, 12 lumo, 13.
Il simbolo degli orbitali creati compare nella finestrella a destra
(figura 5) scegliete un orbitale e accendetelo con Toggle Display.
L'orbitale scelto verrà mostrato da ArgusLab nella finestra di
lavoro.
Osservate i vari orbitali e notate che il primo, 9, non ha nodi verticali
(oltre a quello orizzontale p),
mentre gli altri ne hanno rispettivamente 1, 2 e 3.
L'orbitale 11 homo può anche avere i lobi colorati in
modo opposto rispetto a quello mostrato in fig. 1 come si vede qui a
lato in figura 6.
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fig. 7
fig. 8
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Creare etilene
Create la catena di 2 carboni dell'etilene: C(trigonal planar) - Shift+Click
destro.
Controllate che i 2 carboni abbiano una struttura sp2
planare. (Click destro - Change Atom)
Aggiungete gli idrogeni (pulsante H).
Evidenziate il doppio legame: Click destro sul legame - Double
Salvate la molecola col nome etilene.
Ottimizzatela col metodo PM3 (Calculation - Optimize Geometry - PM3
- Start) (figura 7).
Salvatela col nome etilene_PM3.
Creare i 2 orbitali pigreco dell'etilene
Utilizzate la stessa procedura seguita per il butadiene per creare i
due orbitali molecolari 6 homo e 7 lumo dell'etilene.
L'orbitale 7 lumo è mostrato In figura 8.
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fig. 9
fig 10
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Mettere l'etilene vicino al butadiene
Cliccate sul pulsante Show the Molecule Tree View
.
Nella finestra di sinistra (ad albero) seguite il percorso etilene
- Residues - Misc e cliccate su 1 Def , la molecola di etilene
è così selezionata e appare gialla.
Scegliete Edit - Copy per copiarla in memoria.
Nella finestra ad albero cliccate su butadiene.
Cliccate in un punto dello schermo a fianco del butadiene e premete Ctrl
+ V per mettere in quel punto l'etilene. L'etilene giallo compare
nello schermo come in figura 9 all'interno di una sfera blu chiamata
Manipolatore.
Nella finestra ad albero compare 2 Def (etilene) accanto a 1
Def (butadiene) nel percorso: butadiene - Residues - Misc
Posizionate il cursore sopra l'etilene nel manipolatore e potrete ruotarlo
cliccando e trascinando il mouse.
Per spostare l'etilene cliccate e trascinate il mouse con Ctrl premuto.
Posizionate l'etilene proprio sotto il butadiene come in figura 10.
Per cambiare punto di vista, ruotate tutte e due le molecole insieme cliccando
e trascinando fuori dal manipolatore
Se cliccate nello schermo, il manipolatore scompare. Per farlo tornare
cliccate su 2 Def nella finestra ad albero per selezionare l'etilene che
diventa giallo. Poi scegliete Edit - Attach Selection to Manipulator,
in questo modo il manipolatore ricompare e potete perfezionare il posizionamento
dell'etilene.
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fig. 11
fig. 12
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Creare gli orbitali HOMO e LUMO
Prima di creare gli orbitali HOMO del butadiene e LUMO dell'etilene,
dovete cancellare gli orbitali creati prima.
In Surfaces - Make Surfaces - RHF MOs selezionate gli orbitali uno per
uno e cancellateli con Remove Grid.
Ottimizzate le molecole col metodo PM3. (Calculation
- Optimize Geometry - PM3 - Start) (figura 11).
Se durante l'ottimizzazione le molecole vengono allontanate troppo o
vengono ruotate, tornate ad allinearle col manipolatore fino a portarle
come in figura 11.
Ottimizzate ancora con PM3.
Salvate col nome butadiene_etilene_PM3.
Create gli orbitali HOMO del butadiene e
LUMO dell'etilene: Calculation - Energy - Surface Properties - 17
homo, 19 - OK - Start.
Dovete scegliere l'orbitale 19 che rappresenta il LUMO dell'etilene
perchè il 18 LUMO è il lumo del butadiene
Rappresentate i due orbitali p
sullo schermo : Surfaces - Make Surfaces - RHF MOs. Trascinate l'orbitale
17 nella finestra Grid, scrivete 17 homo nella finestra Surface
Name, cliccate Create>>.
Ripetete l'operazione per l'orbitale 19 che chiamerete 19 lumo.
Il simbolo degli orbitali creati compare nella finestrella a destra.
Sceglieteli e accendeteli con Toggle Display.
I due orbitali verranno mostrati da ArgusLab nella finestra di lavoro
(figura 12).
. . .
. fig. 13 e 14
Per vedere in trasparenza la molecola come nelle
due figue qui sopra, scegliete l'opzione Mesh:
Click destro sull'orbitale - Modify Surface - Mesh.
Da queste immagini è evidente che l'orbitale HOMO del butadiene
si può sovrapporre con l'orbitale LUMO dell'etilene con
interazioni favorevoli di legame su entrambi i lobi (puntini bianchi).
Il lobo blu dell'orbitale HOMO si può sovrapporre col
lobo blu sottostante dell'orbitale LUMO.
Contemporaneamente il lobo rosso dell'orbitale HOMO si può
sovrapporre col lobo rosso sottostante dell'orbitale LUMO come
si vede qui sopra in figura 13 e 14.
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fig. 15
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Cicloaddizione di etilene e propene
Ripetete queste operazioni con due molecole che non possono dare
cicloaddizione di Diels-Alder, per esempio etilene e propene.
Create le due molecole in finestre diverse.
Copiate una molecola e incollatela nell'altra finestra.
Portatele una sopra l'altra col manipolatore.
Ottimizzate la geometria col metodo PM3.
Create gli orbitali Homo del propene e LUMO dell'etilene.
Otterrete la situazione di figura 15.
L'orbitale LUMO dell'etilene (in alto) non si può sovrapporre
in modo conveniente con l'orbitale HOMO del propene (in basso).
Infatti il lobo rosso del LUMO può dare interazioni di
legame col lobo rosso sottostante HOMO, ma il lobo blu del
LUMO dà interazione di antilegame col lobo rosso sottostante
HOMO perchè hanno fasi opposte. (figura 16).
fig. 16
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Per approfondire l'argomento si veda l'ottimo
libro:
Frontier Orbitals and Organic Chemical Reactions - Ian Fleming
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Chimica
al Computer
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